La historia del microscopio es bastante largo, que abarca muchas culturas y siglos diferentes. Puede ser difícil determinar la historia temprana del microscopio, simplemente porque lo que con razón se puede considerar un microscopio está abierto a alguna interpretación. Sin embargo, es una historia rica e ilustre, y todavía se puede ver hoy en el legado de microscopios antiguos físicos, que sirven como piezas de colección para muchos científicos.

Los primeros lentes se pueden encontrar ya en el siglo BCE séptimo en Asiria, donde se utilizaron cristales pulidos. El más famoso de ellos es el llamado lente de Nimrud, que se encuentra en el palacio de Nimrud. Este objetivo podría muy bien haber sido utilizado como una lupa, que es en muchos aspectos un microscopio simple, o simplemente puede haber sido utilizado como un lente para iniciar incendios con luz solar. Algunas personas incluso creen que la lente de Nimrud fue parte de un telescopio muy básico, ayudando a los asirios en su compleja comprensión de la astronomía.

En el siglo 10, el científico islámico Ibn al-Haytham revolucionó el estudio de la óptica, e hizo contribuciones a una amplia gama de campos, incluyendo la formulación de un método científico. En su texto seminal, libro de Óptica, habla de "un dispositivo de aumento, formando una imagen aumentada lente convexa." Esta descripción podría ser visto como un ejemplo temprano de una lupa formal o microscopio. A través de la Edad Media se utilizaron este tipo de dispositivos ampliamente, incluso en Europa monástica en forma de piedras de lectura, que fueron clave en la historia del microscopio, ya que fue a través de uso diario que se descubrió lentes más superficiales magnificados con una mayor eficiencia.

A finales del siglo 16, en Holanda, un número de diferentes fabricantes de gafas comenzó a hacer lo que se puede ver como el antepasado directo al microscopio moderno. Los tres han sido acreditado con su invención, y que fue el primero en crear un microscopio es hasta cierto debate. Uno de estos inventores, Hans Lippershey, también se le atribuye la invención del primer telescopio de verdad, haciendo de él un candidato probable. Los otros dos, Hans Janssen y su hijo Zacarías, eran ambas activas en el mundo de la óptica, y también es probable que podría haber creado un microscopio. El término en sí, sin embargo, sólo fue acuñado alrededor de 1625, para describir el microscopio compuesto de Galileo Galilei.

A lo largo del siglo 18, la historia del microscopio fue uno de refinamientos constantes. Con múltiples vasos están utilizando para reducir las aberraciones cromáticas, y nuevas técnicas de molienda permiten aún mayores aumentos, el microscopio continuó a ser cada vez más potente. A finales del siglo 19, Ernst Abbe había establecido los máximos teóricos para la resolución del microscopio, en su obra seminal Abbe Sine Estado.

El siglo 20 vio los saltos más grandes en la historia del microscopio, comenzando con el desarrollo de microscopios que pueden ver objetos más pequeños que las longitudes de onda de la luz, por Richard Zsigmondy, quien más tarde ganó el Premio Nobel de Química. En 1932 esto había sido mejorada por la creación del microscopio de contraste de fase, lo que permite que objetos sean visto que no tenía color, para que Frits Zernike ganó el Premio Nobel de Física en 1953. Por la misma época el microscopio electrónico fue inventado, lo que permite por tanto mucho mayores aumentos,, hasta el nivel atómico, para que Ernst Ruska ganó el Premio Nobel de Física en 1986.

Más recientemente, Gerd Binnig y Heinrich Rohrer inventaron el microscopio de efecto túnel, que permite no sólo la ampliación de los objetos hasta el nivel atómico, pero para su visualización en tres dimensiones. Para la invención de la más moderna de microscopios, Binnig y Heinrich fueron galardonados con el Premio Nobel de Física, también en 1986.

• Antes del siglo 17, cuando se inventaron los primeros microscopios, las personas no eran conscientes de que los organismos más pequeños que el ojo podía ver existido.
• Piedras de lectura utilizados en Europa monástica fueron fundamentales en la historia del microscopio.
• Tres paramecios se observan bajo un microscopio.
• Una mujer que usa un microscopio.
• Un microscopio compuesto.
• Muchos historiadores científico crédito Galileo Galilei con el desarrollo del microscopio compuesto.